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Lampetra fluviatilis – Alignment

 


            1                                                                                    80
 NC_001131  AAAAACCACC GTTGTAGAAT TCAACTATAA GAACCACCCA ATCAAATTTT TAATTGTAAT TTTAAAAATT TTTTTTTTAA
    Y18683  AAAAACCACC GTTGTAGAAT TCAACTATAA GAACCACCCA ATCAAATTTT TAATTGTAAT TTTAAAAATT TTTTTTTTAA
  AF177949                                                                                         
 Consensus  aaaaaccacc gttgtagaat tcaactataa gaaccaccca atcaaatttt taattgtaat tttaaaaatt ttttttttaa

            81                                                                                  160
 NC_001131  TTGTAATTTT AAAATTTTTT TTTAATTGTA ATTTTAAAAT TTTTTTTTTT TAATTGTAAT TTTAAAATTT TTTTTTTTAA
    Y18683  TTGTAATTTT AAAATTTTTT TTTAATTGTA ATTTTAAAAT TTTTTTTTTT TAATTGTAAT TTTAAAATTT TTTTTTTTAA
  AF177949                                                                                         
 Consensus  ttgtaatttt aaaatttttt tttaattgta attttaaaat tttttttttt taattgtaat tttaaaattt ttttttttaa

            161                                                                                 240
 NC_001131  TTGTAATTTT AAACGTTATC TGATTATGTC CCACCCACCA ACCATTCTTC GAAAAACTCA CCCACTCCTA TCACTTGGTA
    Y18683  TTGTAATTTT AAACGTTATC TGATTATGTC CCACCCACCA ACCATTCTTC GAAAAACTCA CCCACTCCTA TCACTTGGTA
  AF177949                             ATGTC CCACCCACCA ACCATTCTTC GAAAAACTCA CCCACTCCTA TCACTTGGTA
 Consensus  ttgtaatttt aaacgttatc tgattATGTC CCACCCACCA ACCATTCTTC GAAAAACTCA CCCACTCCTA TCACTTGGTA

            241                                                                                 320
 NC_001131  ATAGCATGTT AGTTGACCTT CCTTCTCCTG CTAATATCTC AGCCTGATGA AATTTTGGCT CACTTTTAAG CCTATGTTTG
    Y18683  ATAGCATGTT AGTTGACCTT CCTTCTCCTG CTAATATCTC AGCCTGATGA AATTTTGGCT CACTTTTAAG CCTATGTTTG
  AF177949  ATAGCATGTT AGTTGACCTT CCTTCTCCTG CTAATATCTC AGCCTGATGA AATTTTGGCT CACTTTTAAG CCTATGTTTG
 Consensus  ATAGCATGTT AGTTGACCTT CCTTCTCCTG CTAATATCTC AGCCTGATGA AATTTTGGCT CACTTTTAAG CCTATGTTTG

            321                                                                                 400
 NC_001131  ATCTTACAAA TTATTACAGG ACTAATTCTT GCGATACACT ATACCGCCAA CACTGAACTA GCCTTCTCTT CAGTTATACA
    Y18683  ATCTTACAAA TTATTACAGG ACTAATTCTT GCGATACACT ATACCGCCAA CACTGAACTA GCCTTCTCTT CAGTTATACA
  AF177949  ATCTTACAAA TTATTACAGG ACTAATTCTT GCGATACACT ATACCGCCAA CACTGAACTA GCCTTCTCTT CAGTTATACA
 Consensus  ATCTTACAAA TTATTACAGG ACTAATTCTT GCGATACACT ATACCGCCAA CACTGAACTA GCCTTCTCTT CAGTTATACA

            401                                                                                 480
 NC_001131  CATTTGTCGT GATGTTAACA ACGGATGGCT TATACGAAAT CTTCATGCCA ATGGGGCCTC TATATTCTTT ATTTGTATTT
    Y18683  CATTTGTCGT GATGTTAACA ACGGATGGCT TATACGAAAT CTTCATGCCA ATGGGGCCTC TATATTCTTT ATTTGTATTT
  AF177949  CATTTGTCGT GATGTTAACA ACGGATGGCT TATACGAAAT CTTCATGCCA ATGGGGCCTC TATATTCTTT ATTTGTATTT
 Consensus  CATTTGTCGT GATGTTAACA ACGGATGGCT TATACGAAAT CTTCATGCCA ATGGGGCCTC TATATTCTTT ATTTGTATTT

            481                                                                                 560
 NC_001131  ATGCTCACAT CGGGCGAGGG ATCTACTACG GCTCTTATTT ATATAAAGAA ACATGAAACG TTGGAGTCAT CTTATTTGCA
    Y18683  ATGCTCACAT CGGGCGAGGG ATCTACTACG GCTCTTATTT ATATAAAGAA ACATGAAACG TTGGAGTCAT CTTATTTGCA
  AF177949  ATGCTCACAT CGGGCGAGGG ATCTACTACG GCTCTTATTT ATATAAAGAA ACATGAAACG TTGGAGTCAT CTTATTTGCA
 Consensus  ATGCTCACAT CGGGCGAGGG ATCTACTACG GCTCTTATTT ATATAAAGAA ACATGAAACG TTGGAGTCAT CTTATTTGCA

            561                                                                 625
 NC_001131  TTAACTGCAG CTACTGCTTT CGTTGGTTAT GTACTACCAT GAGGGCAAAT ATCCTTCTGA GGGGC
    Y18683  TTAACTGCAG CTACTGCTTT CGTTGGTTAT GTACTACCAT GAGGGCAAAT ATCCTTCTGA GGGGC
  AF177949  TTAACTGCA                                                              
 Consensus  TTAACTGCAg ctactgcttt cgttggttat gtactaccat gagggcaaat atccttctga ggggc

Referenz: Multiple sequence alignment with hierarchical clustering F. CORPET, 1988, Nucl. Acids Res., 16 (22), 10881-10890