Die DNA-Einzelstrang-Konformations-Polymorphismus-Analyse (SSCP) ist ein auf PCR basierendes Verfahren, das aus folgenden Schritten besteht:

• Vervielfältigung eines DNA-Abschnittes von einer Länge von 100-400 Basenpaaren durch PCR, beispielsweise aus dem mitochondrialen Cytochrom b - Gen
• Überführung des doppelsträngigen PCR-Produktes (Amplicons) in Einzelstrang-DNA durch Erhitzen in einer denaturierenden Lösung (Formamid, Natronlauge) und anschließendes schnelles Abkühlen in Eiswasser
• Auftrennung der Einzelstrang-DNA durch native Polyacrylamidgel-Elektrophorese (PAGE).
• Visualisierung der DNA-Banden durch Anfärbung mit Silber oder Fluoreszensfarbstoffen.

Die Methode beruht darauf , dass die Konformation einzelsträngiger DNA wesentlich durch die Basensequenz bestimmt wird. DNA-Einzelstränge unterschiedlicher Konformation zeigen bei der nativen PAGE verschiedene Wanderungsgeschwindigkeiten, so dass letztlich Sequenzunterschiede durch Lage der DNA-Banden sichtbar gemacht werden können. Neben der Konformation haben die Art der Gelmatrix, der Elektrophoresepuffer und die Geltemperatur einen großen Einfluss auf die Wanderungsgeschwindigkeit der DNA.

Bei der SSCP sollten daher Probe und Referenz im selben Gel laufen. Die Methode ist sehr sensitiv in der Erkennung von Sequenzunterschieden, häufig resultiert schon der Austausch einer Base pro 100 Basen in einem geänderten DNA-Bandenmuster.

Literatur

Rehbein, H. (2002): Application of PCR-SSCP for fish species identification of canned tuna and sturgeon caviar. Fisheries Science 68, Supplement II, 1331-1334.

Rehbein, H. (2004): Identification of the fish species of raw or cold-smoked salmon and salmon caviar by single-strand conformation polymorphism (SSCP) analysis. European Food Research Technology, DOI 10.1007/s00217-004-1067-2.